Premios y distinciones

  •  Doctorado Honoris Causa (Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, 2018) 
  •  Medalla al Mérito “Ignacio Manuel Altamirano” (Sociedad Mexicana de Geografía y Estadística, 2017) 
  •  Miembro de El Colegio Nacional (El Colegio Nacional, 2015) 
  •  Miembro de Número de la Academia Mexicana de la Lengua (Academia Mexicana de la Lengua, 2013) 
  •  La Orden de Orange-Nassau, en Grado de Oficial (Gobierno de los Países Bajos, 2011) 
  •  Doctorado Honoris Causa (Universidad de San Martín, Argentina, 2011) 
  •  Doctorado Honoris Causa (Universidad de Atenas, 2011) 
  •  Premio Juchimán de Plata (Gobierno de Tabasco, 2010) 
  • Premio Salvador Azuela a la trayectoria en investigación histórica (Instituto Nacional de Estudios Históricos de las Revoluciones en México, 2010) 
  • Miembro de Número de la Academia Mexicana de la Historia (Academia Mexicana de la Historia, 2008) 
  •  Caballero gran cruz de la Orden de Isabel la Católica (Gobierno de España, 2005) 
  • Ganador del concurso Biografías para leerse, por la biografía de Manuel Gómez Morín (Fondo Nacional para la Cultura y las Artes, 1997) 
  • Premio Salvador Azuela a la trayectoria en investigación histórica (Instituto Nacional de Estudios Históricos de las Revoluciones en México, 1994) 
  • Medalla al Mérito en Investigación Histórica, Zacatecas (Zacatecas) 
  • Medalla “Capitán Alonso de León” (Sociedad Nuevoleonesa de Historia, Geografía y Estadística)
  •  Nombramiento Fellow en el Centro Bellagio de la Fundación Rockefeller (Fundación Rockefeller) 
  • Premio al mejor artículo del periodo siglo XX otorgado por El Comité Mexicano de Ciencias Históricas al artículo “José Inés Chávez García, ¿rebelde, bandido social, simple bandolero o precursor de los cristeros?” (Comité Mexicano de Ciencias Históricas)
  • Premio de “Periodismo José Pagés Llergo” en el campo de periodismo cultural (Fundación  José Pagés Llergo)
  • SNI III (CONACYT) 
  •  Tinker Visiting Professor en la Universidad de Columbia (Universidad de Columbia)